制药废水处理的废水中主要含有各种天然的有机物，其主要成分为糖类、有机酸、苷类、蒽醌、木质素、生物碱、但宁、鞣质、蛋白质、淀粉及它们的水解物等。制药废水中含有许多生物难降解的环状化合物、杂环化合物、有机磷、有机氯、苯酚及不饱和脂肪类化合物。这些物质的去除或转化是制药废水COD去除的重要途径。药材废水主要污染物为高浓度有机废水的污染，对于制药工业，由于药物生产过程中不同药物品种和生产工艺不同，所产生的废水水质及水量有很大的差别，而且由于产品更换周期短，随着产品的更换，废水水质、水量经常波动，极不稳定。制药废水的另一个特点是有机污染物浓度高，悬浮物，尤其是木质素等比重较轻、难于沉淀的有机物含量高，色度较高，废水的可生化性较好，多为间歇排放，废水成分复杂，水质水量变化较大。